Ubicata nel Golfo dell'Asinara, Valledoria nasce nel 1961 dall'unione di alcune frazioni di Castelsardo e Sedini, su quello che era il sito dell'antica città romana di Codes. Il toponimo significa Valle dei Doria, la nobile famiglia ligure che verso il XIII secolo edificò, per difendere i suoi possedimenti, il castello che ancora oggi troneggia sulla vallata attraversata dal fiume Coghinas.

Dal secolo XI fino al 1272, l'area di Valledoria fece parte del giudicato di Torres della curatoria di Anglona. Passato alla famiglia genovese dei Doria, nella seconda metà del Duecento, dopo la conquista aragonese la valle del Coghinas fu colpita da epidemie catastrofiche (secolo XV) che portarono allo spopolamento di queste terre.

Solo nel 1434 gli Aragonesi riuscirono a strappare ai Doria la baronia di Coghinas, che comprendeva i villaggi spopolati di Casteldoria, Coghinas, Monte Furcadu, Viddalba e l'Isola Rossa. La baronia venne quindi acquistata all'asta nel 1443 da Angelo Cano, cognato del Centelles. Dopo la sua morte il Coghinas venne riacquistato nel 1447 dallo stesso Centelles. Da allora fino al 1843 le vicende del territorio di Valledoria furono legate alla signoria di Oliva. In quel periodo l'amministrazione della baronia era affidata a un podestà residente a Sedini. Verso la metà dell'Ottocento si ebbe la ripresa demografica, come in tutta la bassa gallura, grazie all'afflusso di famiglie galluresi da Aggius e Tempio Pausania che occuparono le vaste pianure deserte e fertilissime, dando vita all'insediamento di Codaruina, oggi Valledoria centro. Codaruina, nel 1960, si rese Comune autonomo con il nome di Valledoria, includendo le frazioni di La Muddizza, La Ciaccia, San Pietro, Baia Verde e Maragnani, il cui territorio era compreso nei comuni di Sedini e Castelsardo.

Negli anni Trenta di questo secolo la zona conobbe uno sviluppo grazie all'opera di bonifica idraulica e regolamentazione delle acque, culminata con la costruzione dell'invaso di Casteldoria.

Nel 1983 si è staccata la frazione di Santa Maria Coghinas divenuta comune autonomo. Dopo tale distacco , Valledoria è andato sempre più identificandosi con Codaruina. Il significato di quest'ultimo, "terreno terminale della rovina", rimanda probabilmente alle rovine del centro costiero medioevale di Ampulia, sulla foce del Coghinas, prima sede della diocesi di Ampurias.

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